Kapillaarelektroforees (lühend KE või CE – capillary electrophoresis) on analüütilises keemias kasutatav elektriliselt laetud (ioonsete) osakeste lahutamise meetod, mis töötati välja 1960. aastatel.
Modifitseeritud kapillaarelektroforeesi meetodid võimaldavad lahutada ka neutraalseid orgaanilisi ühendeid, biomolekule jm. See ületab kõrgsurve vedelikukromatograafia (HPLC) võimalusi, kui tegu on suurte molekulidega või kui saadava proovi kogus on väga väike.