Mutaatiojalostus tarkoittaa kasvien jalostamista pommittamalla niitä säteilyllä tai kemikaaleilla satunnaisten mutaatioiden synnyttämiseksi kunnes jokin yksilö sattuu saamaan toivotun tai hyödyllisen mutaation – mahdollisten tuntemattomien mutaatioiden lisäksi. Mutaatiojalostusta ei säännellä kuin Kanadassa, jossa se lasketaan geenimuunteluksi. Esimerkiksi EU:n GM-sääntelystä se on vapautettu.
Mutaatiojalostus alkoi 1930-luvulla. Nopeamman, halvemman ja turvallisemman "geenimuuntelun" odotettiin syrjäyttävän sen, mutta GM-vastustuksen vuoksi näin ei olekaan käynyt. Mutaatiojalostuksen tuotteita on suuri osa nykyisin viljeltävistä lajikkeista USA:n luomulajikkeita myöten.