Nanobakterie (Nanobacteria, případně u geologických nálezů Nannobacteria) je termín, který se užívá pro kontroverzní[1] nálezy útvarů, které byly označeny za nejmenší žijící buněčné organismy vůbec (v průměru asi 50 nm). V současnosti jsou však považovány za neživé částice.[2]