Pirenoidi su subćelijske mikrostrukture u hloroplastima mnogih algi,[1] i u jednoj grupi kopnenih biljaka, roškastih/lističavih mahovina.[2] Pirenoidi su povezani sa djelovanjem mehanizma za koncentriranje ugljika (CCM). Njihova glavna funkcija je djelovanje kao središta fiksacije ugljik-dioksida (CO2) stvaranjem i održavanjem okoline bogate ovim plinom oko fotosintetskog enzima ribuloza-1,5-bisfosfat karboksilaza/oksigenaza (RuBisCO). Čini se da stoga pirenoidi imaju ulogu analognu onoj karboksisoma u cijanobakterijama.
Alge su ograničene na vodene sredine, čak i u vodenim staništima, a to ima posljedice u pristupu CO2 za fotosintezu. CO2 difundira 10.000 puta sporije u vodi nego u zraku, i također se sporo uravnoteži. Rezultat toga je da je voda kao medij često lahko otpušta, a sporo veže CO2 iz zraka. Konačno, CO2 izjednačava se sa bikarbonatom (HCO3−) kada se rastvori u vodi, i to čini na zavisnosti od pH osnove. Naprimjer, u morskoj vodi pH je takav da se otopljeni anorganski ugljik (DIC) nalazi uglavnom u obliku HCO3–.
Neto rezultat ovoga je niska koncentracija slobodnog CO2 koja je jedva dovoljna da RuBisCO alge djeluje na četvrtini svoje maksimalne brzina, a samim tim, dostupnost CO2 ponekad može predstavljati veliko ograničenje fotosinteze algi.