Il pirenoide è un comparto subcellulare presente nei cloroplasti di molte alghe e e in un unico gruppo di piante terrestri (le antocerote, un tipo di muschi).
I pirenoidi sono associati al funzionamento di un meccanismo di concentrazione del carbonio (carbon-concentrating mechanism CCM). La loro funzione principale è quella di agire come centri di fissazione dell'anidride carbonica (CO2), generando e mantenendo un ambiente ricco di CO2 attorno all'enzima fotosintetico ribulosio-1,5-bisfosfato carbossigenasi/ossigenasi (RuBisCO).
I pirenoidi sembrano quindi avere un ruolo analogo a quello dei carbossisomi nei cianobatteri.
Molte alghe vivono negli habitat acquatici e questo ha implicazioni sulla loro capacità di accedere alla CO2 per la fotosintesi. La CO2 infatti si diffonde 10.000 volte più lentamente nell'acqua che nell'aria facendo si che l'acqua sia spesso un ambiente privo di CO2 e lento ad acquisire CO2 dall'aria.
Infine, la CO2 disciolta in acqua, in base al pH, si equilibra con il bicarbonato (HCO3-). Nell'acqua di mare, ad esempio, il pH è tale che il carbonio inorganico disciolto si trova principalmente sotto forma di HCO3− e non di anidride carbonica. Il risultato netto di ciò è una bassa concentrazione di CO2 libera che è appena sufficiente per far funzionare la RuBisCO a un quarto della sua velocità massa determinando una limitazione importante della fotosintesi delle alghe.