Endotoxine (altgriechisch ἔνδον endon „innen, innerhalb“ und altgriechisch τοξικόν toxikón -toxin „Gift“) sind eine Klasse in der Natur vorkommender chemischer Verbindungen. Sie sind Zerfallsprodukte von Bakterien, die im Menschen zahlreiche physiologische Reaktionen auslösen können.