Metaboliti su intermedijeri i produkti metabolizma. Termin metabolit je obično ograničen na male molekule. Primarni metaboliti direktno učestvuju u normalnom rastu, razvoju, i reprodukciji.[1][2] Sekundarni metaboliti nisu direktno obuhvaćeni tim procesima, ali obično imaju važnu ekološku funkciju. Primeri takvih metabolita su antibiotici i pigmenti.
Metabolom formira velike mreže metaboličkih reakcija, gde proizvodi jedne enzimske hemijske reakcije postaju supstrati drugih hemijskih reakcija.[3]
Metaboliti hemijskih jedinjenja, bilo da su nasledni ili farmaceutski, se formiraju kao deo prirodnog biohemijskog procesa degradacije i eliminacije jedinjenja. Brzina degradacije jedinjenja je važna odrednica dugotrajnosti i intenziteta njegovog dejstva. Profilisanje metabolita farmaceutskih jedinjenja, metabolizam lekova, je važan deo procesa prolaženja lekova, koji omogućava potpunije razumevanje nepoželjnih sporednih efekata.