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Als Apolipoproteine (Apo- von griechisch άπό: Ab-, Weg-) bezeichnet man den Proteinanteil der Lipoproteine (u. a. Chylomikronen, VLDL, LDL, IDL, HDL), der die wasserunlöslichen Lipide im Blut transportiert. Die Apolipoproteine bilden zusammen mit Phospholipiden die wasserlösliche (hydrophile) Oberfläche der Lipoproteine, wo sie als strukturelles Gerüst und/oder Erkennungs- und Andockmolekül z. B. für Membranrezeptoren fungieren.