Eine Matrixorganisation ist ein mögliches Strukturprinzip in der Organisation eines Betriebes, nach dem Zuständigkeit und Verantwortlichkeit aufgebaut werden können. Dabei wird die Leitungsfunktion auf zwei voneinander unabhängige Dimensionen (z. B. Funktion, Region, Verrichtung und Produkte) verteilt, die sowohl gleichberechtigt (balancierte Matrix) als auch von unterschiedlicher Einflusschance sein können: In der funktionalen Matrix hat die Funktion die letzte Entscheidungshoheit, in der Business- oder Projektmatrix ist es diese Dimension. Die Mitarbeiter stehen in zugleich zwei gleichrangigen Weisungsbeziehungen, z. B. sind sie den Leitern der verrichtungsbezogenen Abteilungen Beschaffung, Produktion und Absatz und gleichzeitig den objektbezogenen Produktmanagern unterstellt. Eine Matrixorganisation ist damit eine Form der Mehrlinienorganisation.
Die hierbei entstehenden Zuständigkeits-Überkreuzungen führen in der Praxis jedoch häufig zu so großen Problemen, dass in aller Regel die personelle Weisungsbefugnis (die letztlich die ausschlaggebende ist) auf eine einzige Linie beschränkt wird, jeder Mitarbeiter also nur einen unmittelbar weisungsberechtigten Vorgesetzten hat. Die überkreuzenden Zuständigkeiten der anderen Linie werden dann meist dadurch aufgelöst, dass Mitarbeiter temporär aufgabenbezogen für die andere Linie freigestellt werden; der Anteil der Arbeitszeit, der hierfür bereitzustellen ist, wird dann meist zwischen den Vorgesetzten der jeweiligen Linien verhandelt.
Die Umsetzung einer Matrixorganisation unterscheidet zwischen der disziplinarischen Linienfunktion, üblicherweise in der Senkrechten dargestellt, und der fachlichen Weisungsbefugnis in der horizontalen. Die fachliche Führung ist dabei sehr oft projektbezogen und somit für einen bestimmten Projektzeitraum angelegt.
Aus der Matrixorganisation ergeben sich v. a. im internationalen Kontext komplexe rechtliche Fragestellungen, die gesellschaftsrechtliche, steuerrechtliche, arbeitsrechtliche und betriebsverfassungsrechtliche Aspekte umfassen und nur mit spezialisierter juristischer Kompetenz abgedeckt werden können.