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Als Prothallium (von lateinisch pro ‚vor‘ und griechisch θαλλός thallos ‚Spross‘) bezeichnet man in der Botanik den haploiden Gametophyten der Farne und der Bärlapppflanzen. Es repräsentiert eine der beiden Generationen in dem diplohaplontischen Generationswechsel dieser Pflanzen. Im Vergleich zu dem Sporophyten, der „eigentlichen“ Pflanze, ist es klein, unscheinbar, meist kurzlebig und verborgen. Seine Funktion besteht darin, Gameten zu bilden und so die geschlechtliche Fortpflanzung zu ermöglichen.