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Holobionte

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Ne doit pas être confondu avec Superorganisme.

Exemples d'organismes marins pouvant former des holobiontes. Répandus dans tous les règnes (eucaryotes, bactéries, archées, virus) de l'arbre du vivant, ils offrent une grande diversité de modèles potentiels pour explorer les interactions biotiques complexes entre lignées.
Les lignes pleines désignent des holobiontes étudiés, et les pointillées sont des exemples d'interactions potentielles[1].
Parmi les hydrozoaires, les hydres ont un glycocalyx et une muqueuse qui abritent un microbiote bactérien[2]. Quand l'animal en est expérimentalement privé, il développe des infections fongiques inhabituelles[3], et ses pulsations, normalement régulières se désynchronisent (son pouls diminue)[4]. Comme chez les coraux et chez l'éponge Spongilla lacustris, cette espèce (Hydra viridissima) est l'un des rares cas d'animaux ayant étroitement intégré dans son holobionte un organisme photosynthétique.
Delisea pulchra, une algue rouge vivant au large de l'Australie et du Japon. On a montré en 2016 que son holobionte contient des virus bactériophages (au moins un virus à ARN double brin du genre Totivirus et un virus à ARN simple brin de l'ordre des Picornavirales[5].

Un holobionte (du grec holo, « tout », et bios, « vie »), ou supraorganisme[6], est un assemblage d'espèces hôtes (animal, végétal, fongique…) et d'autres espèces (généralement plus petites comme les micro-organismes) vivant à l'intérieur de cet organisme, sur son enveloppe ou à proximité[7].

Ce terme a été créé pour désigner l'entité bio-écologique constituée d'une multitude de symbiontes aux stratégies évolutives individuelles différentes, parfois antagonistes, parfois complémentaires[8].

Quand il existe des interactions biotiques de type symbiose, l'holobionte tend à être considéré comme une « unité fonctionnelle », par exemple en agroécologie. Il tend, dans tous les cas, à être de plus en plus considéré comme l'unité écologique scientifiquement pertinente pour la biologie, et/ou pour l'évolution[7].

  1. ↑ (en) Simon M. Dittami, Enrique Arboleda, Jean-Christophe Auguet et Arite Bigalke, « A community perspective on the concept of marine holobionts: current status, challenges, and future directions », PeerJ, vol. 9,‎ , e10911 (ISSN 2167-8359, PMID 33665032, PMCID PMC7916533, DOI 10.7717/peerj.10911, lire en ligne, consulté le )
  2. ↑ (en) Katja Schröder et Thomas C. G. Bosch, « The Origin of Mucosal Immunity: Lessons from the Holobiont Hydra », mBio, vol. 7, no 6,‎ (ISSN 2161-2129, e-ISSN 2150-7511, PMID 27803185, PMCID PMC5090036, DOI 10.1128/mBio.01184-16, lire en ligne, consulté le )
  3. ↑ (en) Thomas C.G. Bosch, « Understanding complex host-microbe interactions in Hydra », Gut Microbes, vol. 3, no 4,‎ , p. 345–351 (ISSN 1949-0976, e-ISSN 1949-0984, PMID 22688725, PMCID PMC3463492, DOI 10.4161/gmic.20660, lire en ligne, consulté le )
  4. ↑ (en) Andrea P. Murillo-Rincon, Alexander Klimovich, Eileen Pemöller et Jan Taubenheim, « Spontaneous body contractions are modulated by the microbiome of Hydra », Scientific Reports, vol. 7, no 1,‎ (ISSN 2045-2322, PMID 29162937, PMCID PMC5698334, DOI 10.1038/s41598-017-16191-x, lire en ligne, consulté le )
  5. ↑ Tim Lachnit, Torsten Thomas et Peter Steinberg, « Expanding our Understanding of the Seaweed Holobiont: RNA Viruses of the Red Alga Delisea pulchra », Frontiers in Microbiology, vol. 6,‎ (ISSN 1664-302X, PMID 26779145, PMCID PMC4705237, DOI 10.3389/fmicb.2015.01489, lire en ligne, consulté le )
  6. ↑ (en) Merry Youle, Nancy Knowlton, Forest Rohwer et Jeffrey Gordon, « Superorganisms and Holobionts: Looking for a term for the functional entity formed by a macrobe and its associated symbiotic microbes and viruses? The term is “holobiont” », Microbe Magazine, vol. 8, no 4,‎ , p. 152–153 (ISSN 1558-7452 et 1558-7460, DOI 10.1128/microbe.8.152.1, lire en ligne, consulté le )
  7. ↑ a et b Marc-André Selosse, « Au-delà de l’organisme, l’holobionte », Pour la science, no 469 « Le nouveau monde des microbes »,‎ , p. 80-84 (ISSN 0153-4092, disponible sur Internet Archive).
  8. ↑ « Tous holobiontes ! Et si l’être humain était un méta-organisme plutôt qu’une entité unique ? », Le Monde,‎ (lire en ligne)

Holobionte

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