Holobiontti on useiden lajien ja yksilöiden muodostama ekosysteemi, jonka muodostavat jokin suurempi monisoluinen eliö, esimerkiksi nisäkäs, ja siinä elävät lajit yhdessä. Suuremmassa lajissa eläviä eliöitä voivat olla muun muassa bakteerit ja loiset.[1] Termiä käytti ensimmäisenä biologi Lynn Margulis 1990-luvun alussa.[2]