Los holobiontes son entidades formadas por la asociación de diferentes especies que dan lugar a unidades ecológicas.
El término, introducido por Lynn Margulis en "Symbiogenesis and Symbioticism", deriva del griego antiguo ὅλος (hólos), que significa "todos", y βιὅς, que significa "organismo", "ser vivo".[1] Se utiliza comúnmente para referirse a la asociación entre un macroorganismo[2] (animal o planta) y los microorganismos simbióticos que componen su microbiota. Frecuentemente, aparece asociado al término hologenoma, que se usa por analogía con el término genoma para designar la totalidad del material genético del huésped y de todos los microorganismos que componen su microbiota.